أنشئت وزارة الأوقاف والشؤون الدينية عام ١٩٩٧ بناء على المرسوم السلطاني رقم ٨٤ / ٩٧ الذي تم فيه تغيير مسمى وزارة العدل واوقد كانت من مسؤوليات هذه الوزارة الإهتمام بالقيم الروحية والدينية القائمة على شريعة الإسلام في بناء المواطن الصالح على أساس من الإيمان بالله والعقيدة الصحيحة، كما أنيط بها تنظيم جميع ما يتعلق بالأمور الدينية داخل السلطنة أوقاف والشؤون الإسلامية الى وزارة العدل وتم به فصل وزارة الأوقاف والشؤون الدينية عن وزارة العدل.
قامت الوزارة بإنشاء عدد من المديريات تختص بخدمة الإسلام والمسلمين داخل ربوع السلطنة، فأنشئت المديرية العامة للمساجد ومدارس القرآن الكريم التي أهتمت بتنظيم عملية تدريس القرآن الكريم فى مختلف ولايات وقرى السلطنة وفتح مراكز لتحفيظ القرآن الكريم خلال العطلة الصيفية للمدارس، بالاضافة إلى المشاركة فى مسابقات تحفيظ القران الكريم خارج السلطنة.
ومن إختصاصاها أيضاً بناء المساجد – التي تربو على عشرة الآف مسجد في السلطنة – والمحافظة عليها والمساهمة فى بناء مساجد أخرى داخل وخارج السلطنة. وفي مجال الاوقاف ترعى المديرية العامة للاوقاف وبيت المال أموال الاوقاف وادارتها واستغلالها في المجالات المحددة لها بما في ذلك مساعدات الائمة والمؤذنين ومدرسي القرآن الكريم، واستثمار اموال بيت المال.
ومن المديريات التابعة للوزارة المديرية العامة لتنمية الأوقاف بيت المال التي تهتم بتنمية الأوقاف وبيت المال وتقوم بإستثمار أموال الأوقاف في المشاريع التي لها مردود عالي خدمة للأوقف، وأنشأت هذه المديرية مشروع السهم الوقفي الذي سهل عملية مساهمة المسلم في المشاركة في الوقف بمبالغ بسيطة كان لها دور في خدمة وتنمية الأوقاف
وتوجد أيضاً مديرية الوعظ والإرشاد التي تهتم بكل ما يتعلق بالوعظ والإرشاد من خطب ومحاضرات وبحوث وأئمة وخطباء، ومن إختصاصها أيضاً الإهتمام بالحج والعمرة وتنظيم عملية الحج للمواطنين والمقيمين، وطباعة الكتب الدينية وغيرها.
كما أن الوزارة يتبعها مكتب الافتاء الذي يختص باصدار الفتاوي الشرعية، كما أنه يقوم بالقاء المحاضرات الدينية واحياء المناسبات الدينية فى مختلف مناطق السلطنة.بالإضافة الى مشاركات سماحة الشيخ أحمد بن حمد الخليلي المفتي العام للسلطنة فى عدة مؤتمرات وندوات على مستوى العالم الاسلامي لمناقشة ما يهم الاسلام والمسلمين.